Pengelolaan DAS
terpadu pada dasarnya merupakan pengelolaan partisipasi berbagai sektor/sub
sektor yang berkepentingan dalam pemanfaatan sumber daya alam pada suatu DAS,
sehinnga diantara mereka saling mempercayai, ada keterbukaan, mempunyai rasa
tanggung jawab dan saling mempunyai ketergantungan (interdependency).
Demekian pula dengan biaya kegiatan pengelolaan DAS, selayaknya tidak lagi
seluruhnya dibebankan kepada pemerintah tapi harus ditanggung oleh semua pihak
yang memanfaatkan dan semua yang berkepentingan dengan kelestariannya.
Pengalaman
selama ini menujukkan bahwa dalam menjalankan tugas dan fungsinya,
masing-masing lembaga tersebut cenderung bersifat sektoral, dan oleh karenanya,
seringkali terdapat tabrakan kepentingan (conflict of interest) antar
lembaga yang terlibat dalam pengelolaan DAS. Untuk menghindari terjadinya
tabrakan kepentingan, diperlukan klarifikasi dan identifikasi secara jelas
tentang tugas dan wewenang masing-masing lembaga dalam menjalankan fungsinya.
Selain masalah tabrakan kepentingan, masalah lain yang umum terjadi dalam
pengelolaan sumber daya yang melibatkan banyak lembaga adalah masalah kerjasama
dan koordinasi antar lembaga. Oleh karena itu, pengaturan kelembagaan dan
regulasi yang mengatur mekanisme kerja antar lembaga tersebut harus disiapkan
dengan matang sehingga dapat menghasilkan pola kerjasama dan koordinasi yang
optimal.